双碱法烟气脱硫塔是通过石灰－石膏法的化学原理来达到脱硫的目的，具体化学反应式如下： 
S+O2→SO2

SO2+H2O→H2SO3

CaO+H2O→Ca（OH）2

H2SO3+Ca（OH）2→CaSO3+2H2O

生成的亚钙为结晶沉淀物，经进一步氧化即成石膏，可储备用于建材行业（据部门试验证明：脱硫石膏基本上能代替所有天然石膏，可在建材行业中综合利用）。
玻璃钢碱洗塔碱洗温度通常控制在30～50℃，碱液常用浓度为10％～15％的氢氧化钠溶液，循环使用直至浓度达到2％～3％时再更换。 

双碱法烟气脱硫塔脱硫工艺同石灰石/石灰等其他湿法脱硫反应机理类似，主要反应为烟气中的SO2先溶解于吸收液中，然后离解成H+和HSO3—；

             SO2（g）= = = SO2（aq）                      （1）

       SO2（aq）+H2O（l） = = =H++HSO3— = = = 2H++SO32-； （2）

式（1）为慢反应，是速度控制过程之一。

然后H+与溶液中的OH—中和反应，生成盐和水，促进SO2不断被吸收溶解。具体反应方程式如下：

2NaOH + SO2 → Na2SO3 + H2O 

Na2SO3 + SO2 + H2O → 2NaHSO3

脱硫后的反应产物进入再生池内用另一种碱，一般是Ca（OH）2进行再生，再生反应过程如下：

Ca（OH）2 + Na2SO3  → 2 NaOH + CaSO3

Ca（OH）2 + 2NaHSO3 → Na2SO3 + CaSO3·1/2H2O +1/2H2O

存在氧气的条件下，还会发生以下反应：

Ca（OH）2 + Na2SO3 + 1/2O2 + 2 H2O → 2 NaOH + CaSO4·H2O

脱下的硫以亚硫酸钙、硫酸钙的形式析出，然后将其用泵打入石膏脱水处理系统或直接堆放、抛弃。再生的NaOH可以循环使用。